新規にしろ認可にしろ、車庫の申請と契約書には切っても切れない関係があります。
もちろん自社所有の場合は別です。
その場合は、土地の登記簿謄本（コンピュータ化された現在では正式には「登記事項証明書」といいます。）を付ければいいことになっています。

他人から駐車場を借りて事業用自動車の車庫とするには、賃貸契約書のコピーを添付することになります。
しかしどんな契約書でも良いのかというとそうではなくて、いくつかの条件を満たさなければなりません。
その条件とは「契約期間が概ね３年以上ある」ことです。

不動産の賃貸契約の期間は２年ということが多くないですか？
今まで私が申請に関わったものには２年というものが圧倒的に多かったです。

じゃあダメなのか？というとそうではなく、ほとんどの場合、それでも通用してきました。
そのパターンとは、

1. 契約が自動更新になっていること
2. 自動更新になっていなくても、事業者が「２年経っても引き続きその物件を借ります」という旨の「宣誓書」を付けること
3. ３年以上借りる旨を記載した「承諾書」に貸主のハンコをもらう

の３パターンです。
各運輸局で扱いが多少異なるかもしれませんが、関東運輸局管内ではこの方法で通用します。
実際に申請するときには、運輸支局で相談してみてくださいね。

あと契約書の内容で注意が必要なこととして、

1. 自家用車しか駐車ができないような内容になっていないか
2. 契約書内に自動車登録番号が記載するような形式の場合、事業用自動車じゃない車のナンバーが書かれていないか
3. 駐車場内に何も物を置いてはならないと書かれていないか

などがあるでしょうか？
法令により事業用自動車の車庫には、点検用工具などを設置しなければならないことになっています。

【自動車点検基準第6条第三号】
自動車車庫は、次の表に掲げる測定用器具、作業用器具、工具及び手工具（当該自動車車庫に常時保管しようとするすべての自動車に備えられているものを除く。）を有すること、

このような規定があるので、工具類があるかどうか写真を添付しないければならない運輸支局もあったりします。（例えば、愛知運輸支局）

上の１．２．３のパターンは、私がいずれも経験したものです。
結構苦労しました。

なので、駐車場を借りる場合はこれらの点に注意を払って契約書を見てみましょう。